나가사키의 이도 (離島、본토에서 떨어져 있는 섬) 는 크게 3구역이 있으며, 
대마도 (対馬) , 이키섬 (壱岐), 고토열도 (五島列島) 이다.
고토열도는 여기서 상고토열도 (上五島列島) 와 하고토열도 (下五島列島) 로 나뉜다.

대마도와 같은 경우, 부산항국제터미널 에서 펜스타, 대아고속, 스타라인 (니나) 통하여 이동 가능하다.
대마도의 주요 항구는 히타카츠 (比田勝) 와 이즈하라 (厳原) 가 있고, 이즈하라편은 그리 많지 않다.
히타카츠에서, 이즈하라를 이동 할려고 한다면, 히타카츠에서 이즈하라로 이동하는 버스를 타고 약 2시간 정도 이동해야 한다. 
단, 이즈하라까지 가는 버스 편수 마저 그리 많지 않기 때문에, 놓치지 않는것이 중요.

<일본 본토에서 대마도로 이동하는 방법>
1. 후쿠오카 하카타 (博多) 항구에서 이즈하라로 가는 고속선을 타면 된다.
2. 후쿠오카 공항이나, 나가사키 공항 에서, 대마도까지 가는 비행기를 타면 된다. 

이키섬인 경우, 한국에서 다이렉트로 이동하는 방법이 없다.

<일본 본토에서 이키섬으로 이동하는 방법>
1. 대마도공항이나 나가사키 공항에서, 이키섬으로 가는 비행기 탄다.
2. 후쿠오카 하카타 (博多) 항구에서 아시베 (芦辺) 항구 혹은 고노우라 (郷ノ浦) 항구로 이동하는 페리를 이용한다.
3. 사가현 카라츠 (唐津) 의 히가시카라츠 (東唐津) 항구에서 인도우지 (印通寺) 항구로 이동하는 페리를 이용한다.
4. 대마도 이즈하라 (厳原) 항구에서 아시베 (芦辺) 항구 혹은 고노우라 (郷ノ浦) 항구로 이동하는 페리를 이용한다.

고토열도인 경우, 한국에서 다이렉트로 이동하는 방법이 없으며, 
상고토열도 와 하고토열도 의 이동방법이 다르다.

<일본 본토에서 상고토열도로 이동하는 방법>
나가사키현의 나가사키 항구, 혹은 사세보 항구에서 아리카와 (有川) 항구까지 가는 페리를 이용한다.

<일본 본토에서 하고토열도로 이동하는 방법>
1. 나가사키현의 나가사키 항구 에서 후쿠에 (福江) 항구까지 가는 페리를 이용한다.
2. 나가사키 공항에서 후쿠에 (福江) 까지 가는 비행기를 탄다.
3. 후쿠오카 하카타 (博多) 항구에서 후쿠에 (福江) 항구까지 가는 페리를 이용한다. (심야숙식 페리도 존재)